出口企业丢失出口货物增值税专用发票的，经销货方所在地主管税务机关认证并出具“增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票已抄报税证明单”，主管出口退税 的税务机关可作为申报出口退税 的合法凭证办理退税;凡未经销货方所在地主管税务机关认证并出具“增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票已抄报税证明单”的，一律不得办理出口退税 。
出口企业丢失出口货物税收专用缴款书的，则须提供由供货企业所在地县级以上主管征税机关出具的有关该批货物税收专用缴款书已开具证明、以及县级以上征税机关签署意见并盖章的原税收专用缴款书复印件和供货企业所在地银行出具的该批出口货物原税收专用缴款书所列税款已入库证明，经审核无误后方可办理退税。
出口企业丢失出口货物报关单(出口退税联)的，在货物出口后的六个月内可凭主管退税机关出具的补办出口货物报关单(出口退税联)证明，向海关提出补办申请。出口企业向主管退税机关申请出具补办出口货物报关单(出口退税联)证明时，应提交下列资料：
关于申请出具补办出口货物 报关单 (出口退税联)证明的报告；
出口收汇 核销 单(出口退税专用)；
出口发票；
主管退税机关要求提供的其他资料。
