广州港分为内港港区、黄埔港区、新沙港区和南沙港区四个港区。

　　1.内港港区：广州港内港港区位于广州市原八区范围内的西河道、东河道和南河道，包括黄沙码头洲头咀码头、大沙头码头和广州造船厂码头等，主要承担广州市及珠江三角洲地区能源物资、原材料、粮食、杂货、客运及沿海、近洋集装箱运输作业。由于城市的发展，部分码头功能正逐步搬迁、调整为城市功能。

　　2.黄埔港区：广州港黄埔港区位于广州市黄埔区和萝岗区的珠江干流两岸，由黄埔老港作业区和黄埔新港作业区组成，主要包括鱼珠木村厂码头、黄埔老港码头、文冲船厂码头、黄埔油库码头、西基煤炭码头以及新港码头等，主要承担沿海、近洋集装箱运输、粮食、煤炭、化肥、成品油等散货运输和沿海粮食中转及西江沿线非金属矿石运输。

　　3.新沙港区：广州港新沙港区位于珠江干流的东莞境麻涌河口至破流水闸段东岸，新沙港区一期工程的10个 3.5万吨级泊位已全部投产，2006年完成港口吞吐量达3600万吨,集装箱107万标箱，是承担集装箱、煤炭、铁矿石、粮食和化肥等物资运输为主的综合性深水港区。新沙二期工程4个5万吨级的多用途泊位也在规划建设之中。

　　4.南沙港区：广州港南沙港区位于广州市南沙区、珠江干流狮子洋至伶仃洋段的西岸，为综合性港区，由沙仔岛作业区、小虎作业区、芦湾作业区和南沙作业区等四个作业区组成。
　　南沙港作业区规划港口岸线52.4公里，主要为外贸集装箱运输，并承担能源、液体化工、原材料运输以及保税、物流、商贸、临港工业开发的综合型深水港区。目前南沙港区一期工程已建成4个5万吨级多功能码头，2005年完成集装箱吞吐量108万标箱，2006年完成集装箱吞量达240万标箱；二期工程的6个5万吨级码头于2007年9月已全部建成投产。